提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

打卡“文明风景线” 北京地铁“文明列车”让人眼前一亮******

　　“创建文明城市共筑首善北京”“让城市更文明，让生活更美好”……近日，市民走进北京市地铁1号线八通线、6号线、10号线地铁车厢，可以看到四周醒目的创城公益广告和文明宣传语，展示首都文明风貌的“文明列车”让人眼前一亮。

　　三辆“文明专列”由首都文明办打造，手绘风格的海报带给乘客沉浸式的文明体验。文明驾车、文明养犬、文明旅游、清理堆物堆料、门前三包、垃圾分类等内容，引导市民群众积极践行文明行为，共创首善北京。

　　“文明城市大家创 文明成果大家享”、“当好主人翁 共创文明城”、“助力创建有你有我”等标语，能够醒目的提示每一位乘坐“文明专列”的乘客，践行文明行为。

　　车厢扶手内嵌入“创建文明城市共筑首善北京”的文明标语以及对“全国文明城市”的阐释，鼓励市民发挥每个人的文明力量，共同打造信仰坚定、崇德向善、文化厚重、和谐宜居、人民满意的城市。

　　车门处张贴着“文明是城市最亮丽的名片”卡通海报，志愿者、公共文明引导员等一同点赞文明行为，让身处车厢的乘客感受市民群众齐心践行文明条例、共同建设首善北京的浓厚氛围。

　　每天乘坐地铁通勤的姜先生表示：“文明专列是一种时尚潮流，吸引更多的年轻人关注，在潜移默化中让文明思想浸润人心。”在地铁站区执勤的公共文明引导员赵大姐不禁赞叹：“作为‘文明行为’的倡导者，为文明宣传点赞，为‘文明专列’点赞。如今看到首都市民文明素质明显提升，人与人之间更多了和谐友好与相互包容。”

　　据了解，“文明专列”作为首都文明办持续打造的流动风景线，未来还将推出北京榜样、新时代文明实践、志愿服务、公共文明引导等主题专列，助力北京建设成为世界一流的和谐宜居之都。